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全长转录组测序分析

为什么全长转录组?Full-Length cDNA sequencing 

           通过全长转录组测序无需拼装的全长转录本分析。由于测序平均读长可达到10-15Kb,因而可以轻松跨越从5’末端到3’-Poly A tail的完整转录本,从而准确鉴定异构体,并对可变剪接、融合基因、等位基因表达等进行精确分析即使是已经研究十分深入的物种(如人类)也能?#29615;?#29616;新功能基因或新的异构体

测序建库怎样选择?

        一般情况下,选择构建1-2kb,2-3kb,>3kb三个文库,每个文库测1-2个SMRT cell

技术路线

文献分享:


Minoche A E, Dohm J C, Schneider J, et al. Exploiting single-molecule transcript sequencing for eukaryotic gene prediction[J]. Genome biology, 2015, 16(1): 1-13.
简介
       
       通过PacBio RS平台对甜菜(Beta vulgaris)进行转录组测序,获得全长转录本。98%的full-insert SMRT reads包含完整的开放阅读框(ORF);将测序结果同二代测序结果进行比较,灵敏?#32676;?#20934;确度有大幅提高,也为完善甜菜的基因组提供参考依据。

样本选择
       
         对一例甜菜样本构建1-2kb,2-3kb,>3kb三个文库,每个文库测两个SMRT cell。

分析结果

图1 识别的全长转录本


图2 转录本长度分布

图3 识别基因结构


图4 数据分析思路

 

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