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宏转录组

产品简介

      宏转录组研究的是某一特定环境、特定时期群体生物全部基因组转录情况以及转录调控情况。  扩增子测序只能揭示微生物群落中成员多样性的组成情况,宏基因组只能从DNA水平预测潜在的代谢功能和基因表达,然而在特定的时空下并非所有的基因都会表达。因此有些情况下,需要分析微生物群落的mRNA表达情况。

技术路线

案例解析

       羊的甲烷排放有高有低。研究者选取了4个高排放量,4个低排放量和2个中等排放量多样本分别进行了微生物多样性、宏基因组、宏转录组。从物种分类角度没有发现统计意义?#31995;?#24046;异性。(物种分类的差异比较涉及到的是细菌和古细菌、细菌、以及古细菌),因为甲烷代谢过程主要涉及的是古细菌。关键的最后通过宏基因组与宏转录组的分析,宏基因组分析并没有得到差异性。

A图是整个甲烷代谢的通路图橙色的是整个过程中涉及到的酶

B图用宏基因组分析得到的每种酶的丰度NS 代表没有差异性的缩写

C图宏转录组分析酶的表达*代表有统计意义差异

D图宏转录组涉及到的酶的种类多差异性

Shi W, Moon C D, Leahy S C, et al. Methane yield phenotypes linked to differential gene expression in the sheep rumen microbiome[J]. Genome research, 2014, 24(9): 1517-1525.

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