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真核转录组测序
 产品简介

·             是基于HiSeq平台,对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,既可研究已知基因,亦能发掘新基因,全面快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为:有参考转录组、无参考转录组以及数字基因表达谱(DGE)三大类。
  
技术流程
 
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样品要求
 
1)样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
2)样品需求量:植物和真菌样品≥10 μg;人、大鼠、小鼠样品≥2 μg;其他类型动物≥5 μg;
3)样品浓度:植物和真菌样品≥250 ng/μl;人、大鼠、小鼠样品≥65 ng/μl;其它类型动物样品≥150 ng/μl;
4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.2;OD260/230=1.8~2.2;动物样品RIN≥7.0,植物样品RIN≥6.5,28S:18S≥1.0;昆虫样本无此指标。
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案例解析

案例一 :转录组分析光敏色素PhyB如何调节高粱分蘖生长[1]

      光不仅是影响高等植物生长发育的?#24674;?#37325;要的环境因子,而且可以作为?#24674;?#37325;要的发育信号而调控植物形态建成。  其中的光敏色素phyB可以感受红外和远红外光强比例控制植物分蘖生长。本研究中利用高粱phyB-1突变体直到开花后才进行分蘖生长特性,分别对突变型和野生型发芽后的6DAP、7DAP和8DAP进行转录组测。研究发现phyB-1植株中基因TFL1, TPPI, GA2ox1 表达量高,从而阻止了腋窝分生组织成花诱导,同时降低对糖信号的敏感性;而在野生型分蘖继续生长,表现在关于SWEET  transporter 基因和细胞壁活性基因表达?#21487;?#39640;,从而促使腋?#32771;?#32493;生长;




参考文献

[1]Kebrom TH, Mullet JE.Transcriptome Profiling of Tiller Buds Provides New Insights into PhyB Regulation of Tillering and Indeterminate Growth in Sorghum.Plant Physiol. 2016 Apr;170(4):2232-50. doi: 10.1104/pp.16.00014. 



 
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